우유를 즐겨 마시는 살인청부업자
집에서 정성껏 화분을 돌보며 우유 한 잔을 즐겨 마시는 한 남자가 있습니다. 이 남자의 이름은 레옹이며 직업은 바로 살인청부업자입니다. 평소와 같이 레옹은 아침 일찍 일어나 운동을 하고 옷을 세심히 다리미로 다린 다음 총기를 챙겨 나갑니다. 맨해튼 남부, 리틀 이탈리아에 있는 한 피자 가게 안으로 들어갑니다. 거기서 오늘 레옹이 죽일 사람을 토니에게 전달받고 레옹은 우유를 한 잔 마시고 일을 시작하러 갑니다. 레옹은 업계에서 이미 베테랑이었으며, 일을 순조롭게 마칩니다. 그렇게 하루를 성공적으로 끝낸 레옹은 슈퍼에 가서 우유를 여러 개 사고 집으로 갑니다. 집에 가서 휴식을 즐기고 있던 그때, 초인종이 울립니다. 초인종을 누른 사람은 울고 있는 한 소녀였습니다. 소녀는 문을 열어달라고 애원을 하지만 레옹은 그 누구도 자신의 집에 들이지 않는 사람이었습니다. 하지만, 초인종을 계속 울리며 애원하는 소녀를 무시할 수 없자 어쩔 줄 몰라하는 레옹은 소녀를 위해 문을 열어주고 집으로 들입니다. 그 소녀는 바로 레옹의 옆집에 사는 12살 소녀인 마틸다였습니다.
가족들이 몰살당한 것을 본 마틸다
하루 전, 마틸다의 아빠는 마약문제로 마약단속국의 책임자이자 마약 사업을 이끌고 있는 스탠에게 협박을 받은 마틸다의 아빠는 그에게 반항을 하고 괜히 옆에 있는 마틸다에게 뺨을 때리면서 화풀이를 합니다. 다음 날, 아침부터 마틸다는 가족들에게 늘 무시와 구박을 받고 있었으며, 오직 마틸다의 동생만 마틸다와 사이가 좋았습니다. 하지만, 어제 스탠이 경고했었던 시간이 다가오고 덩치 큰 남자들과 무기를 가지고 있는 남자들이 하나 둘 모여들기 시작합니다. 스탠은 이미 마약으로 환각 상태에 빠져 있었으며, 바로 총으로 문을 쏴버립니다. 평화롭게 목욕을 하던 마틸다 엄마를 무자비하게 죽여버리고 마틸다 언니도 죽여버립니다. 한편, 마틸다는 슈퍼에서 장을 보고 있었고 집에는 꼼짝 못 하는 마틸다의 아빠와 침대 밑에 숨어있는 마틸다의 동생만 남아 있었습니다. 이때, 마틸다의 아빠가 기회를 엿보아 총을 쏘아대고 깜짝 놀란 마틸다의 동생이 밖으로 뛰쳐나가지만 결국 살해당하게 되고 마틸다의 아빠도 스탠에게 살해당하게 됩니다. 장을 보고 돌아온 마틸다는 이상한 분위기를 감지합니다. 자신의 집 문 앞에 가족들이 살해당해 있는 것을 본 마틸다는 위기 능력을 발현해 옆집으로 가서 초인종을 누릅니다.
킬러가 되고 싶은 마틸다
레옹의 집으로 들어오게 된 마틸다는 자신의 가족이 살해당했다는 사실에 눈물을 보이며 오열을 하자 레옹은 손인형으로 마틸다를 위로해 줍니다. 이후 마틸다는 레옹에게 직업을 묻자 레옹은 솔직하게 살인청부업자라고 이야기합니다. 가족의 복수를 꿈꾸는 마틸다는 레옹에게 멋지다고 해주고 레옹은 그런 마틸다의 모습에 조금 놀랍니다. 레옹은 마틸다에게 자신의 침대도 내어주지만 다음 날, 레옹은 마틸다를 냉정하게 떠나라고 하지만 마틸다는 총기를 닦고 있는 레옹에게 자신은 킬러가 될 것이라는 종이를 보여줍니다. 레옹은 당황해하고 마틸다는 총을 들고 밖을 마구잡이로 쏘아대는 것을 보여줍니다. 그렇게 마틸다는 레옹의 집에서 빨래, 청소, 설거지, 총기까지 닦아주며 레옹에게 글도 가르쳐 줍니다. 레옹은 조금씩 마음에 문을 열게 되고 마틸다에게 킬러가 되는 법을 가르쳐 줍니다. 맨 하트 빌딩 옥상에서 가짜 총을 이용할 희생양을 찾는 마틸다는 레옹의 조언으로 첫 번째 시도반에 성공합니다.
레옹과 마틸다는 서로 게임을 하며 장난도 치고 이제는 둘도 없는 친구 같은 사이가 됩니다. 한편, 마틸다는 가족들이 살해당한 집을 찾아가고 거기서 아빠가 숨겨놓은 비상금을 찾게 되지만, 동생이 죽었었던 자리를 발견하고 슬픔에 빠지게 됩니다. 이때, 레옹이 피를 흘리며 집으로 돌아오고 레옹은 마틸다와 함께 지낸 뒤로 마음이 점점 약해지고 있었습니다. 그런 레옹에게 마틸다는 돈을 주며 가족의 복수를 해달라고 하지만 레옹은 이를 거절합니다. 마틸다는 결국 자신이 직접 복수를 하기로 결심합니다. 마틸다는 스탠의 뒤를 밟아 마약단속국으로 잠입하게 되고 음식을 배달하는 척 검색대를 통과하게 되지만 결국 스탠에게 들키고 맙니다. 스탠은 사람을 가리지 않고 무자비하게 죽이는 사람이었으며, 바로 마틸다에게 총을 겨누지만 스탠이 아끼는 부하가 죽었다는 소식을 듣게 됩니다. 그리고 그 부하를 죽인 사람은 바로 레옹이었습니다. 그 시각 레옹은 집에 마틸다가 남겨 놓은 편지를 발견하고 마약단속국으로 향하게 됩니다. 레옹은 스탠의 부하들을 총으로 쏘고 마틸다를 구합니다.
서로에 대한 마음이 깊어지는 레옹과 마틸다
그날 밤, 레옹은 우유 한 잔을 들이켜고 마틸다에게 혼자만 간직하고 있던 아픔을 털어놓으며 둘은 감정은 더욱더 깊어지게 됩니다. 한편, 스탠은 부하들을 이끌고 레옹이 갔던 피자 가게에 가서 토니에게 레옹에게 복수를 할 것이라며 협박을 합니다. 다음 날 아침, 마틸다는 레옹에게 우유를 사 오겠다며 슈퍼로 가고 그 모습을 스탠이 지켜보고 있었습니다. 그렇게 마틸다는 납치를 당하게 되고 레옹을 죽이기 위해 알파팀이 잠입하고 조심스레 집 문을 열고 들어갑니다. 하지만 레옹은 업계에서 베테랑이었으며, 모든 것을 알고 미리 몸을 숨기고 있었습니다. 그렇게 알파팀은 모두 전멸하게 되고 이에 스탠은 마약단속국의 모든 병력을 불러들입니다. 그렇게 지원부대들이 레옹을 죽이기 위해 접근하지만 레옹은 깔끔하게 모두 죽여버립니다. 레옹은 대원들의 인질로 마틸다를 구출하게 되지만, 아직 수많은 지원부대들이 레옹을 기다리고 있었습니다. 쪽 수로 불리한 레옹은 힘겹게 싸움을 이끌어 가지만 출구도 막혀버리고 탈출이 불가능한 상황까지 오게 됩니다. 하지만, 레옹은 포기하지 않고 어떻게든 나가기 위해 환풍기를 도끼로 부숴버립니다. 레옹은 마틸다만이라도 탈출시키기 위해 마틸다를 환풍기 안으로 들여보냅니다. 하지만, 혼자서는 절대 안 가겠다는 마틸다는 결국 눈물을 보이고 레옹은 그런 마틸다를 진정시키며 모든 상황을 설명해 줍니다. 그러고서 자신의 진정한 속마음을 마틸다에게 말해주며 얼른 가라고 말하고 그렇게 마틸다와 작별을 하게 됩니다.
행복을 바라는 레옹과 마틸다
그때, 집 안으로 폭탄이 들어오고 집 안은 언망진창이 되었지만 레옹은 진압군으로 위장을 하여 밖으로 나오게 됩니다. 마틸다는 무사히 1층에 내려오게 되고 탈출에 성공하게 됩니다. 한편, 레옹은 마틸다와 함께 행복을 위해 살아갈 날을 기다리며 향하지만 스탠이 그를 몰래 기다리고 있었습니다. 결국, 레옹은 스탠에게 죽게 되고 레옹은 스탠에게 마지막으로 무언가를 손에 쥐어주면서 마틸다가 주는 선물이라고 말합니다. 그 선물은 바로 수류판 핀이었으며, 그 순간 건물 전체가 폭발하게 됩니다. 마틸다는 토니를 찾아가고 레옹이 자신에게 돈을 남겼다는 사실을 알게 됩니다. 마틸다는 다시 혼자 외로이 거리를 돌아다니며 레옹의 바람대로 화분이 뿌리를 내려 자랄 수 있게 땅에 화분을 심어주며 "우리 여기선 행복할 거예요"라고 이야기를 하며 영화는 끝이 납니다.