꼬마 집요정 도비
여름 방학 끝무렵, 해리는 친척들 집에서 가족들과 친구들을 그리워하며 해그리드가 준 사진첩을 보고 있습니다. 그때, 해리의 부엉이인 헤드위그가 소리를 내고 그 소리를 들은 버논 이모부가 해리를 부르며 시끄러우니깐 부엉이를 조용히 하라고 시킵니다. 해리는 잠깐이라도 부엉이를 풀어달라고 말해보지만 버논 이모부는 친구들한테 편지를 보낼 테니 절대 안 된다고 합니다. 하지만, 친구들은 해리에게 단 한 장의 편지도 보내지 않았습니다. 한편, 중요한 손님맞이를 준비하고 있던 더즐리 가족들은 해리에게 방에서 나오지 말고 쥐 죽은 듯이 조용히 있으라고 말합니다. 그렇게 방으로 다시 돌아온 해리는 누군가 자기 침대 위에서 방방 뛰고 있는 것을 발견합니다. 바로 집요정인 도비였습니다. 도비는 해리에게 할 말이 있다며 이야기를 해주는데 바로 해리가 호그와트 학교로 돌아가면 안 된다고 이야기를 해주며 돌아가면 위험이 닥칠 거라고 말을 합니다. 하지만, 해리는 친구들이 있는 학교에 돌아가야 한다고 이야기를 합니다. 이에 도비는 편지 한 통도 안 쓰는데 그게 무슨 친구냐며 이야기를 하지만 해리는 그걸 어떻게 아냐면서 이상한 점을 눈치챕니다. 사실 도비는 해리가 학교에 가기 위한 것을 막기 위해 친구들이 해리에게 쓴 편지들을 몽땅 숨겼었던 것이었습니다. 이에 화가 난 해리는 당장 편지를 돌려달라며 도망가는 도비를 쫓아갑니다. 결국 1층까지 내려온 도비는 해리에게 학교로 가지 않겠다고 말을 하라며 하지만 해리는 그럴 수 없다고 이야기를 합니다. 도비는 결국 부엌에 있는 케이크를 손님 머리 위에 떨어뜨리게 되고 홀로 사라집니다.
하늘을 나는 자동차
이에 화가 난 버논 이모부는 해리의 방 창문을 막아버리면서 학교에 절대 못 간다며 말을 합니다. 그렇게 해리는 무기력한 채로 생활하던 날 밤, 하늘에 무언가가 자기 방으로 날아오는 것을 목격합니다. 그것은 바로 하늘을 나는 자동차를 타고 해리를 데리러 온 론과 론의 형제들인 프레드와 조지였습니다. 해리 방 창문에 있던 창틀을 부숴버리고 그 소리를 들은 버논과 페투니아는 바로 해리의 방으로 달려갑니다. 해리는 자동차에 짐을 싣고 간신히 자동차에 타서 도망치게 됩니다. 그렇게 그들은 론의 집으로 향하여 이번 학기에 필요한 준비물들이 있다는 것을 알고 다이애건 앨리로 가게 됩니다. 다이애건 앨리로 간 해리는 헤르미온느를 만나게 되고 둘은 같이 책방으로 갑니다. 그곳에서는 질데로이 록허트라는 잘 나가는 교수님의 책 사인회를 하고 있었습니다. 그때, 해리는 말포이의 아버지인 루시우스가 지니 위즐리의 가마솥에 책을 몰래 넣는 것을 보게 됩니다. 책방을 나가려는 해리에게 말포이는 시비를 걸고 그의 아버지인 루시우스가 해리의 이마에 있는 흉터를 보며 볼드모트는 전설적인 마법사라고 이야기를 합니다. 하지만, 해리는 자기의 부모님을 죽인 살인자일 뿐이라고 대응합니다. 이제 학교에 가기 위해 9와 4분의 3 승강장 벽을 통과하는 데, 해리와 론은 시간이 지나서 그 벽을 통과하지 못하게 됩니다. 그렇게 둘은 어쩔 수 없이 하늘을 나는 자동차를 타고 가기로 합니다. 저녁이 돼서야 학교에 도착한 둘은 울부짖는 버드나무에게 공격을 당하고 겨우 짐을 갖고 학교로 들어가게 됩니다. 하지만 해리와 론은 머글 7명에게 하늘을 나는 자동차를 들키게 되고 버드나무도 다치면서 징계를 받게 됩니다.
비밀의 방
어느 날 밤, 징계를 받고 벌을 받고 있던 해리는 이상한 소리를 듣게 됩니다. 해리는 소리가 나는 곳을 따라가다 피로 적힌 메시지를 발견합니다. 그 내용은 "비밀의 방이 열렸다. 후계자들이여 조심하라"라는 내용과 함께 학교 관리인 필치의 고양이인 노리스 부인이 돌이 된 채 굳어있습니다. 그렇게 사건이 지난 후, 맥고나걸 교수님 수업을 듣던 중 헤르미온느가 교수님에게 비밀의 방에 대해서 질문을 합니다. 맥고나걸 교수님은 호그와트를 세운 네 명의 마법사 중 살라자르 슬리데린이 있었는데, 살라자르 슬리데린은 순수 혈통을 중요시했지만 나머지 세 명은 그렇지 않았고 살라자르는 학교를 떠나기로 결정하였고, 학교를 떠나기 전에 그가 만든 것이 비밀의 방이며 이 비밀의 방은 오직 그의 후계자만이 열 수 있다는 것을 이야기합니다. 그리고 그 방 안에는 괴물이 살고 있으며 그 괴물도 그의 후계자만이 조종할 수 있다고 이야기를 해줍니다.
후계자
시간이 흐른 후, 그리핀도르와 슬리데린의 퀴디치 시합이 있던 중 해리는 블러저에 의해 팔이 부러지고 맙니다. 해리는 의무실에 남아서 휴식을 취하고 있던 중 집요정 도비가 나타나게 되고 해리가 기차를 못 타게 벽을 닫은 것도 블러저가 해리만 쫓게 만든 것도 다 자기라고 말을 합니다. 당연히 이유는 해리가 학교를 떠나게 하기 위한 방법이었습니다. 도비는 해리에게 학교에 닥칠 위험에 대해서 암시하고 다시 사라집니다. 그때, 누군가가 또 돌이 되어서 실려오면서 해리는 덤블도어 교장선생님이 하는 이야기를 듣게 되는데 그 내용은 비밀의 방이 열렸다는 사실을 알게 됩니다.
다음 날, 학교에 계속되는 공격으로 덤블도어 교장선생님은 결투클럽을 열어 학생들이 마법을 연습할 수 있는 시간을 만듭니다. 결투클럽에서 슬리데린 대표로 말포이가 나오고 그리핀도르 대표로 해리가 나옵니다. 그 둘은 서로 공격을 하지만 열이 받은 말포이는 뱀을 소환하는 마법을 겁니다. 위험하다고 판단한 스네이프 교수는 바로 제지를 하러 들어가지만 해리는 뱀의 언어를 하며 뱀을 조종합니다. 스네이프 교수는 놀라는 기색을 보이며 바로 뱀을 없애 버립니다. 그리고 해리는 뱀과 대화를 할 수 있는 마법사는 아주 소수의 마법사만이 할 수 있다는 것을 알게 됩니다. 헤르미온느는 해리에게 살라자르도 뱀과 대화할 수 있는 파셀마우스였다고 하며 해리도 후계자의 후보에 오르게 됩니다. 그 사건으로 학생들을 해리를 무서워하는 분위기와 호기심이 있는 눈빛으로 쳐다보며 해리가 후계자라는 말까지 나오게 됩니다.
톰 리들 일기장
한편, 복도에서 물 웅덩이를 발견한 해리와 론은 물길을 따라가다 한 일기장을 발견하게 됩니다. 일기장을 들고 둘은 헤르미온느를 찾아갑니다. 그 일기장의 주인은 톰 리들이라는 50년 전에 학교에 다닌 학생이었습니다. 50년 전에 그도 학교에 있었고 비밀의 방에 있는 괴물의 정체를 알 수 있겠다는 생각을 합니다. 그날 밤, 해리는 일기장에 글을 써보는데 잉크가 사라지면서 해리는 자기의 이름은 해리포터라고 써봅니다. 그러자 글씨가 사라지고 자기의 이름은 톰 리들이라는 글씨가 생깁니다. 해리는 곧바로 비밀의 방에 대해서 알고 있는 것이 있냐고 물어봅니다. "50년 전으로 데려가 줄게"라는 글씨가 나오면서 일기장에서 빛이 나오며 해리를 50년 전으로 데려갑니다. 톰 리들을 만난 해리는 톰 리들을 뒤를 따라가 봅니다. 해리는 그곳에서 해그리드를 만나게 되는데, 톰 리들이 해그리드의 거미를 죽이려고 하지만 실패하고 해리는 다시 현실로 돌아오게 됩니다. 해리는 론과 헤르미온느에게 이 사실을 말해주고 있는 그때 네빌이 달려와서 누군가 기숙사를 엉망으로 만들어놓았다고 이야기를 합니다. 기숙사로 돌아간 해리와 론은 일기장이 없어졌다는 사실을 알게 됩니다.
바실리스크
다음 날, 그리핀도르와 후플푸프와 시합 당일 맥고나걸 교수님이 해리와 론을 불러 의무실로 데려갑니다. 거기서 또다시 돌이 된 사람을 보게 되는데, 그 사람은 바로 헤르미온느였습니다. 계속되는 이상한 사건으로 학교 측은 문을 닫아야 할지도 모른다고 이야기를 하며 기숙사를 나가지 말라는 규정을 만듭니다.
다음 날, 헤르미온느를 보러 간 둘은 헤르미온느의 손에 쥐어져 있는 쪽지를 발견합니다. 그 내용은 "아무리 무시무시한 괴물이라도 바실리스크보다 끔찍한 건 없다. 눈을 직접 보면 즉시 사망하게 된다"라는 내용을 보고 비밀의 방에 있는 괴물이 바실리스크라는 것과 해리는 그 괴물이 뱀이기 때문에 계속 이상한 소리를 들을 수 있다는 사실도 알게 됩니다.
한편, 사건이 또 일어나고 해리와 론은 여학생 1명이 괴물에게 잡혀있다는 사실을 알게 되는데, 그 여학생이 바로 론의 여동생 지니 위즐리였습니다. 해리와 론은 화장실의 유령인 모닝 머틀의 도움으로 비밀의 방의 입구를 찾게 됩니다. 뱀의 언어를 할 수 있는 해리는 비밀의 방에 입구를 열게 되고 구덩이로 떨어지면서 뱀의 허물을 발견합니다. 그렇게 해리는 뱀의 문양의 문을 발견하고 뱀의 언어로 문을 엽니다. 그 안에는 론의 여동생 지니 위즐리가 쓰러져 있었습니다. 그때, 톰 리들이 나타나는데 그는 50년 동안이나 일기장에서 보관되어 있었다고 말합니다. 그리고 톰 리들은 해리가 떨어트린 지팡이를 주워 지니의 죽음이 자신을 더 강하게 해 준다고 이야기를 하고 비밀의 방을 연 사람이 바로 지니 위즐리라는 이야기를 해줍니다. 그리고 이때까지 끔찍한 사건을 저지른 사람도 지니 위즐리라는 사실도 말해줍니다. 과거에서도 해리의 신뢰를 얻기 위해서 일부러 해그리드의 자신의 기억을 보여준 것이었습니다. 그리고 자신의 정체를 말해주는데 그는 바로 볼드모트의 과거 모습이었습니다. 그때, 덤블도어의 불사조인 폭스가 나타나 해리에게 분류 모자를 주고 톰 리들은 바실리스크를 불러냅니다. 그러나, 불사조인 폭스가 바실리스크의 두 눈을 찔러 시력을 잃게 만듭니다. 시력을 잃은 만큼 청력이 예민해진 바실리스크는 해리가 소리를 내는 곳마다 해리를 공격합니다.
해리는 간신히 바실리스크를 따돌려 다시 지니에게 오게 되지만 톰 리들은 지니는 죽을 거라며 그럼 볼드모트가 돌아올 것이라는 말을 합니다. 그때, 바실리스크가 다시 나타나고 그 순간 분류 모자 안에서 검이 하나 생깁니다. 해리는 험난한 사투 끝에 바실리스크를 해치우게 되는데 그 과정에 해리의 팔에 독이 든 바실리스크의 이빨이 찌르게 됩니다. 독이 든 이빨에 찔린 탓에 해리도 점점 죽어 가고 있었지만 지니의 품속에 일기장을 발견하고 바실리스크의 이빨로 일기장을 찌릅니다. 일기장을 찌르면서 피가 나오고 톰 리들도 같이 파괴되었습니다. 그렇게 톰 리들을 무찌르고 불사조 폭스가 와서 해리의 팔에 눈물을 떨어트려 치유해 줍니다.
그렇게 사건이 일단락된 후, 덤블도어 교장선생님은 해리와 론을 불러 특별 공로상을 주겠다고 합니다. 그리고 덤블도어는 해리에게 "무언가가 너를 괴롭히고 있는 것 같구나"라고 말을 합니다. 이에 해리는 "볼드모트와 저는 공통점이 너무 많아요"라고 대답을 합니다. 덤블도어는 "해리, 네가 왜 뱀이랑 대화를 할 수 있을까. 볼드모트가 할 수 있기 때문이야. 그의 힘의 일부가 너에게 전해진 것 같아. 네가 그를 물리친 날 밤에"라고 이야기를 합니다. 덤블도어는 마법 보자가 왜 너에게 그리핀도르를 배정했냐고 묻자 해리는 제가 부탁했어요라고 대답을 하고 이에 덤블도어는 "그게 바로 너와 볼드모트의 차이점이야. 진정한 모습은 능력으로 보이는 게 아니라 우리의 선택이지"라는 말을 합니다. 그래서 해리가 바실리스크로부터 위기에 처했을 때 그리핀도르라는 검이 나타나게 된 것이었습니다.
도비는 이제 자유
한참 이야기를 하던 와중에 루시우스가 도비와 함께 들어옵니다. 루시우스는 다른 가문들을 협박해서 덤블도어가 교장직에서 사임하게 만들었었습니다. 그리고 지니에게 톰 리들의 일기장을 준 것도 바로 루시우스였던 것입니다. 그리고 루시우스는 일기장이 파괴된 것을 보고 떠나려고 하는 중 도비를 발로 차는 행위를 보입니다. 해리는 그 광경을 보고 일기장을 가져가 루시우스에게 전해줍니다. 루시우스는 일기장을 필요 없다는 듯 도비에게 줍니다. 해리는 도비에게 일기장을 열어 보라고 합니다. 도비는 일기장을 열자 양말 한 짝이 나오며 도비는 "도비는 이제 자유예요!"라고 말을 하며 좋아합니다. 사실 양말은 해리의 양말이지만, 집요정들은 자신들의 주인이 옷을 선물해 주면 바로 자유가 될 수 있었던 것이기에 루시우스가 책을 건넨 그 순간부터 도비는 이제 자유의 몸이 된 것입니다. 루시우스는 종을 잃어 화가 나 해리에게 마법을 걸려고 하자 도비는 해리를 해칠 수 없다며 루시우스를 날려버립니다. 그로부터 헤르미온느도 무사히 돌아오고 해리와 론과 재회를 하며 영화는 끝이 납니다.