새로운 등장인물
여느 때와 같이 해리는 더들리 친척들의 집에서 지내고 있었습니다. 하지만, 이모부의 여동생인 마지가 자신의 부모님들을 험담하는 것을 듣게 되고 해리는 이에 화를 참지 못하여 마법으로 마지 아줌마를 거대한 풍선처럼 부풀려 하늘로 날려버립니다. 하지만, 인간세계에서 마법을 함부로 쓰면 퇴학을 당할 수 있기 때문에 해리는 무작정 짐을 싸고 집을 나옵니다. 해리는 리키 콜드런으로 가기 위해 마법사들을 태워주는 버스를 기다리고 있던 그때, 나무들 사이에서 검은 개 한 마리를 보게 되지만 버스가 도착한 후 그 개는 순식간에 사라져 버립니다. 해리는 버스 안에서 시리우스 블랙이라는 흉악한 범죄자가 아즈카반 감옥에서 탈옥했다는 말을 듣게 되고 리키 콜드런에서 마법부 장관을 만나 그가 자신의 목숨을 노리고 있다는 사실도 알게 됩니다. 시리우스 블랙은 볼드모트의 추종자로 해리부모님의 은신처를 발설하여 배신하고 자신의 친구인 피터 패티그루를 죽인 죄로 아즈카반에 복역 중이었습니다.
다음 날, 해리는 론과 헤르미온느와 함께 호그와트로 가기 위해 기차를 탑니다. 이때, 해리는 기차 안에서 정체를 알 수 없는 존재로 인해 공격을 당하게 됩니다. 하지만, 해리의 옆자리에 있었던 어둠의 방어술 신임 교수 리무스 루핀 교수님의 도움을 받아 다행히 그 존재로부터 풀려나게 됩니다. 바로 그 정체는 디멘터로 사람의 영혼을 빨아먹으면서 그 사람의 가장 행복한 기억을 집어삼키는 존재였습니다. 해리는 자신을 구해준 루핀 교수님에 의해 호그와트에서는 탈옥범인 시리우스 블랙이 잡힐 때까지 한 동안 학교에 디멘터들과 함께 한다는 사실을 알게 됩니다.
새로운 학기
한편, 새 학기를 맞이한 해리는 해그리드의 첫 수업에서 아주 큰 새인 히포크리프 벅빅을 만나게 됩니다. 이에 말포이는 벅빅을 만만하게 보며 다가가지만 예의를 지키며 다가가라는 해그리드의 말을 무시한 죄로 벅빅에게 공격을 당할 뻔합니다. 하지만, 해리는 벅빅에게 예의를 지키면서 다가가 벅빅에게 호감을 얻게 되고 벅빅과 함께 날아오르며 아주 멋진 시간을 보내게 됩니다. 하지만, 말포이가 벅빅에게 공격을 당했다는 소식을 알게 되고, 말포이의 아버지인 루시우스는 벅빅을 사형시켜야 한다고 이야기합니다. 다음 날, 새로운 루핀 교수는 학생들에게 자신이 가장 무섭거나 두려워하는 것인 보가트를 물리칠 수 있는 리디큘러스 마법을 가르쳐줍니다. 학생들이 각자 자신이 무섭고 두려운 존재를 생각하여 불러들이고 그것을 리디큘러스로 물리쳐보는데, 이때 해리의 차례가 되어 해리도 그런 존재를 생각합니다. 하지만, 해리의 앞에 나타나는 것은 바로 디멘터이므로, 이를 눈치챈 루핀 교수는 해리의 앞을 막아서며 해리를 대신하여 디멘터를 물리쳐줍니다. 울적해진 해리의 앞에 루핀 교수는 사실은 자신이 해리의 부모님과 친구였다는 사실을 말해주며 해리를 위로합니다.
디멘터
얼마 후, 그리핀도르와 후플푸프의 퀴디치 경기 중에 갑자기 해리에게 디멘터가 나타나게 되고, 해리는 경기장에서 빗자루를 타다 떨어지고 맙니다. 다행히 해리는 덤블도어의 마법으로 목숨을 구하게 되지만 디멘터의 행동에 화가 난 덤블도어 교장 선생님은 즉시 그들을 내쫓습니다. 어느 날, 해리는 론의 형제인 프레드와 조지에게 비밀지도를 받게 됩니다. 그 비밀지도는 누구든지 어디서 무얼 하는지 항상 볼 수 있는 지도였습니다. 다음 날, 해리는 자신이 두려워하는 존재인 디멘터를 물릴 칠 수 있는 마법을 배우기 위해 루핀 교수를 찾아가 도움을 청합니다. 루핀 교수는 해리에게 선한 힘으로 디멘터의 힘을 막아주는 방패의 역할을 해주는 패트로누스 마법을 가르쳐 줍니다. 하지만, 그 마법을 사용하려면 자신이 아주 행복하고 강렬했던 기억을 떠올려야 했습니다. 상자 속에 있던 디멘터를 열어 해리는 계속해서 "익스펙토 페트로눔"이라고 마법을 겁니다. 하지만, 첫 번째 시도는 역시 디멘터에 의해 정신을 잃고 맙니다. 이에 해리는 포기하지 않고 자신에게 더 강렬한 기억을 생각하여 다시 한번 디멘터를 향해 주문을 외웁니다. 해리는 드디어 주문에 성공을 합니다.
검은 개와 늑대인간
다음 날, 벅빅의 사형을 알게 된 해리, 론, 헤리미온느는 막으러 가보지만 결국 벅빅은 사형을 당하게 됩니다. 이에 셋은 슬픔에 잠기게 되는데 그때, 론의 애완펫인 스캐버스가 론의 손가락을 물고 도망갑니다. 스캐버스를 잡기 위해 론이 따라갑니다. 이때, 해리와 헤르미온느 뒤에 서 있는 검은 개 한 마리가 나타나고 론을 물고 어딘가로 끌고 갑니다. 론이 끌려간 곳을 따라온 해리와 헤르미온느는 거기서 시리우스 블랙을 만나게 됩니다. 바로 그 검은 개의 정체가 시리우스 블랙이었던 것입니다. 해리는 자신의 부모님을 배신한 시리우스 블랙을 향해 마법을 걸려고 하지만 이때, 루핀 교수가 찾아오면서 해리의 지팡이를 마법으로 빼앗습니다. 알고 보니 루핀 교수와 시리우스 블랙은 친구 사이이며 헤르미온느는 루핀 교수가 늑대인간이라는 것도 알게 됩니다. 해리는 루핀 교수에게 배신감을 느끼려던 찰나 스네이프 교수님이 나타나 시리우스의 지팡이를 마법으로 빼앗습니다. 스네이프 교수는 시리우스를 처리하려던 그 순간 해리는 스네이프 교수를 향해 공격을 합니다. 해리는 루핀과 시리우스가 얘기하는 피터에 대해 알고 싶어 그랬던 것입니다. 이에 그들은 해리에게 모든 사실을 알려주는데, 사실은 볼드모트에게 해리의 부모님을 발설한 것도 친구들을 배신한 것도 시리우스가 아닌 피터라는 사람이었습니다. 그리고 피터는 바로 론의 애완펫인 스캐버스였던 것입니다. 이때, 스캐버스는 도망을 치게 되지만 결국 그들에게 붙잡히게 됩니다. 그들은 피터를 붙잡아 밖으로 나오는데 그때, 보름달이 뜨면서 루핀은 점점 늑대로 변하게 됩니다. 이 틈에 피터는 다시 생쥐로 변하여 도망을 치게 되고 해리, 론, 헤르미온느는 늑대로 변한 루핀에게 위협을 당하자 시리우스가 개로 변신하여 그들을 지켜줍니다. 해리는 시리우스가 걱정이 되어 그를 따라가게 됩니다. 공격을 당하여 다친 시리우스를 걱정하던 해리 앞에 수많은 디멘터들이 나타납니다. 해리는 루핀에게 배운 주문을 외워 방어를 하지만 역부족이었습니다. 그렇게 해리와 시리우스는 디멘터들에게 영혼을 빨아 먹히게 되는데 이때, 건너편에서 흰 사슴이 나타나면서 디멘터들을 물리쳐주면서 해리와 시리우스를 도와줍니다. 이에 해리는 기절하게 되고 의무실에서 깨어나게 됩니다. 이때, 의무실에 덤블도어가 찾아오고 해리, 론, 헤르미온느는 시리우스가 누명을 쓴 것이라고 얘기를 하고 덤블도어는 시간에 대한 이야기를 하며 시리우스는 탑 꼭대기에 있다는 사실을 알려줍니다. 이에 헤르미온느는 자신이 목에 걸고 있던 목걸이를 해리와 목에 걸어 세 번을 돌리자 마치 비디오를 뒤로 감기한 것처럼 시간이 되돌아가면서 밤이었던 의무실이 낮으로 바뀝니다.
시간을 돌리는 시계
당황해하는 해리에게 헤르미온느는 이건 시간을 돌릴 수 있는 시계이고 이거 덕분에 강의를 두 개씩 들을 수 있게 되었다는 사실을 알려 줍니다. 그렇게 그들은 과거로 오게 되어 모든 상황을 바로 잡으러 갑니다. 먼저 사형을 당했던 벅빅의 생명을 살리기 위해 그들은 해그리드의 집으로 갑니다. 해리와 헤르미온느는 벅빅을 먹이로 유인을 하여 다행히 벅빅을 다른 곳으로 이동시켜 사형을 면합니다. 그렇게 밤이 되고 이번에는 늑대인간으로부터 해리가 공격을 당할 수 있게 되어 헤리미온느는 늑대울음소리를 내어 루핀을 유인합니다. 하지만, 그 소리를 들은 루핀은 빠르게 달려오고 해리와 헤르미온느는 루핀을 피해 도망을 치고 숨게 됩니다. 그러나 결국 늑대로 변한 루핀에게 들키게 되고 공격을 당하려던 그때, 벅빅이 나타나 그들을 지켜줍니다. 그리고 해리는 하늘에서 디멘터들이 어딘가로 향하는 것을 보고 아까 자신이 디멘터들에게 공격을 당하던 장소로 달려갑니다. 역시 그곳에서는 자신과 시리우스가 디멘터들에게 영혼을 빼앗기고 있었는데, 해리는 자신을 구해줬던 존재가 자신의 아버지라고 확신에 차며 기다리고 있었습니다. 하지만 그곳에는 아무도 나타나지 않고 과거의 자신과 시리우스는 죽어가고 있었습니다. 해리는 그런 모습을 보고 자신이 대신 나타나 디멘터들을 향해 "익스펙토 페트로눔"이라는 주문을 외워 디멘터들을 물리칩니다. 과거의 자신과 시리우스를 구해 준 존재는 바로 자기 자신이었던 것이었습니다. 그들은 그렇게 벅빅을 타고 시리우스도 무사히 구출합니다. 이에 시리우스는 해리에게 따뜻한 말을 해줍니다. "네 부모님과 지낸 시간은 내가 더 많지만 이걸 잊지 마. 사랑하는 사람에겐 이별이 없어. 늘 곁에 살아있지"라며 해리를 향한 진심 어린 이야기를 해줍니다. 그리고 시리우스는 벅빅을 타고 하늘로 날아갑니다. 이때, 종이 올리게 되고 시간이 된 해리와 헤르미온느는 다시 의무실로 돌아갑니다.
누군가 선물한 선물
다음 날, 해리는 루핀 교수를 찾아가지만 루핀은 짐을 싸고 학교를 떠나려고 하고 있었습니다. 루핀은 해리에게 지난번 자신의 행동을 사과하고 학교를 떠납니다. 해리는 누군가가 자신을 위해 빗자루를 선물했다는 것을 듣게 됩니다. 그 빗자루는 파이어볼트이며 빠르기로 유명한 최신형 빗자루였습니다. 그 빗자루는 누가 보낸 건지도 적혀있지 않았습니다. 빗자루가 얼마나 빠른지 시험해 보기 위해 친구들이랑 밖으로 나간 해리는 타자마자 하늘로 날아가면서 영화는 끝이 납니다.